Os sintomas expressam as tentativas do organismo em se curar a si próprio.
Em homeopatia há que distinguir os inerentes à própria doença, dos sinais ou condições que pertencem caracteristicamente ao doente enquanto indivíduo.
Pode acontecer, que um determinado medicamento cubra todos os sinais e sintomas da doença – tendo em vista que a matéria médica homeopática é acima de tudo um  registo de sintomas –, e aquele não seja o escolhido como simillimum, perante a falta de correspondência com as condições gerais do paciente. Se um doente apresenta todos os sintomas mais característicos de Arsenicum Album – v.g., medo da morte com agitação e exaustão, agravamento periódico dos sintomas, dores sentidas com sensação de queimação, agravamento nocturno por volta da meia-noite – e os sintomas da doença aguda estão delimitados num outro medicamento, pode ser aquele e não este a ser prescrito.
Em homeopatia não existem doenças, só doentes. Não é o reumatismo, a depressão, a ansiedade, a artrite ou a enxaqueca que são curados, embora se vise a supressão da sintomatologia associada à patologia de que se padece. Cura-se sim, o paciente que sofre de artrite, reumatismo ou enxaqueca. Hahnemann terá respondido certa vez a um paciente que o inquiriu sobre a sua doença e prescrição homeopática: “O nome da sua doença não é problema meu, e o nome do medicamento que lhe dou não é problema seu”.
Nesta perspectiva, os sintomas característicos do paciente são mais importantes que os sintomas e sinais da doença – denominados patognomónicos  –.

O que caracteriza no essencial um indivíduo são as suas características mentais, aversões e desejos,  comportamento e reacção aos elementos naturais.
Hahnemann, percebeu que os sintomas importantes são os característicos, peculiares, raros, raríssimos, repetitivos e inexplicáveis. Incluem-se ainda os sintomas mentais – que também podem ser categorizados mediante as premissas acima referenciadas –, que deverão ser sempre utilizados para a selecção final do medicamento.

Os sintomas que nos devem guiar na escolha criteriosa do simillimum, são os individualizantes do doente, que devem ter correspondência na patogenesia do medicamento.

• Os sintomas característicos, individualizam ou caracterizam o paciente no âmbito da totalidade sintomática, estando geralmente associados a modalidades de melhoria ou agravamento.
• Os peculiares são sintomas característicos, específicos de alguns medicamentos – ex.: o medo da morte com agitação entre a uma e as três horas de Arsenicum Album, de apoplexia ao anoitecer de Pulsatilla – ou do próprio doente e do seu caso clínico – ex.: febre alta sem sede, calafrio com sede de água fria –.
• Os raros, como o próprio nome indica, só muito raramente se verificam e no repertório são constituídos por rubricas com um número igual ou inferior a três medicamentos – medo de passar por esquinas: Argentum Nitricum e Kali-Bromatum –.
• Os raríssimos, também denominados Keynotes, encontram-se em rubricas com apenas um medicamento – a sensação como se o corpo fosse frágil, de vidro, de Thuya –.

Alguns homeopatas quando constatam num paciente a existência de um sintoma raríssimo, procedem sem mais à prescrição desse medicamento. No entanto, tal procedimento é contrário aos princípios da doutrina homeopática. A função do Keynote deve ser meramente indicativa e auxiliar do diagnóstico diferencial.

São estes os sintomas que o homeopata deve investigar escrupulosamente no paciente – Clarke afirmava que se um paciente lhe dissesse “Há uma coisa que não sei se lhe devo contar, doutor”, não descansava enquanto este não lhe contasse de que realmente tratava a tal “coisa” (Receituário Homeopático, Editorial Martins Fontes, pág. 68) –. Pesquisava assim, os sintomas mais peculiares e absurdos e que quando presentes, são determinantes para a escolha do medicamento, claro está, com sujeição prévia a uma hierarquização.

Alguns sintomas são mais importantes que outros e devem ser valorizados, quer em sede de repertorização, quer de prescrição. A hierarquização que atribuímos aos sintomas relevantes – apreciaremos infra a matéria respeitante à valorização dos sintomas – pode traduzir-se no esquema seguinte:

• Sintomas etiológicos: Transtornos por...; Todos os factores desencadeadores do quadro sintomático actual, quer endógenos ou exógenos, físicos ou mentais.
• Sintomas e sinais do quadro clínico/homeopático individual:
  • Mentais
    • Sintomas da imaginação: Sensações, ilusões, delírios e sonhos.
    • Emocionais
    • Volitivos
    • Intelectivos
  • Gerais: transpiração, sono, sede, apetite, febre, características das eliminações, etc.
  • Locais: cabeça, peito, estômago, etc.
•  Sintomas extraídos da história clínica: transtornos funcionais – comuns e patognomónicos – e lesões orgânicas.

Nota: Os sintomas pertencentes ao grupo II deverão ser sempre que possível bem modalizados. Este grupo, aonde for aplicável, pressupõe a inspecção ou exame físico, levado a cabo pelo homeopata.

A prescrição sobre a totalidade dos sintomas, não corresponde à prescrição sobre todos os sintomas. É essencial isolar o maior número possível de individualizantes, que nos conduzam ao simillimum.
Pode dizer-se em síntese, que os sintomas característicos, peculiares, raros e estranhos ou absurdos, são os que definem o paciente e os que em regra mais atraem a nossa atenção, podendo conduzir ao esclarecimento por via diferencial, do resultado obtido por via do estabelecimento da Síndrome Mínima de Valor Máximo. Esta é constituída por 3 a 5 sintomas caracterizadores da individualidade do paciente, inscritos em rubricas com um número médio de medicamentos – rubricas que não tenham muitos nem poucos medicamentos inscritos –, conforme veremos mais detalhadamente no artigo referente à Repertorização.
Alguns autores, nomeadamente Séror, consideram um bom sintoma ou sinal o que pode ser encontrado num organismo vivo, mas não num cadáver: uma úlcera ou fractura é visível num ser desprovido de vida, mas o medo da morte ou da multidão, não. Os primeiros são de importância secundária, enquanto que os segundos assinalam a manifestação da vida através da matéria. Por outro lado, um sintoma explicável é um mau sintoma: uma criança que tem aversão a doces porquanto produtores de enormes dores dentárias. Um sintoma inexplicável, como desfazer-se em lágrimas sem saber porquê, é manifestamente um bom sintoma. Na mesma hierarquia devemos colocar os inconscientes, v.g., as múltiplas manifestações do sono.

Os sintomas mais comuns e indefinidos, tais como tristeza, ansiedade, medo, perda de apetite, sono agitado, desconforto, cefaleias, não merecem em especial a nossa atenção, porque são observados em quase todas as doenças e elencam o quadro sintomático de grande número de medicamentos.

Os sintomas gerais, que respeitam ao corpo na sua integralidade, têm um valor superior aos locais. Um só sintoma geral, bem marcante, é mais importante que o conjunto de locais ou particulares.
Quando o doente fala na primeira pessoa do singular, podemos estar quase certos que se refere a um sintoma geral: eu tenho frio; eu tenho sede.
 
Por outro lado, a importância dos sintomas mentais não pode ser descurada. Os mais importantes são os que manifestam a vontade e a afectividade do paciente. Depois, vêm os relativos à inteligência, seguidos pelos atinentes à memória.

Há sempre que reconhecer quais os sintomas comuns à doença e os que são característicos do doente, estes sim de vital importância.